DR.SC (Q62544): Difference between revisions
From MaRDI portal
Created a new Item |
Added link to MaRDI item. |
||||||||||||||
(34 intermediate revisions by 5 users not shown) | |||||||||||||||
description / en | description / en | ||||||||||||||
Joint Dimension Reduction and Spatial Clustering | |||||||||||||||
Property / programmed in | |||||||||||||||
Property / programmed in: R / rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
3.1 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.1 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.1 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 11 February 2023
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
3.2 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.2 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.2 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 19 April 2023
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.2 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.2 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.2 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 19 November 2021
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.3 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.3 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.3 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 21 November 2021
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.4 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.4 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.4 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 7 January 2022
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.5 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.5 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.5 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 6 February 2022
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.6 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.6 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.6 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 23 February 2022
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.7 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.7 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.7 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 25 February 2022
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.8 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.8 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.8 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 18 April 2022
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
2.9 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.9 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 2.9 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 27 May 2022
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
3.0 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.0 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.0 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 15 November 2022
| |||||||||||||||
Property / software version identifier | |||||||||||||||
3.3 | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.3 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / software version identifier: 3.3 / qualifier | |||||||||||||||
publication date: 9 August 2023
| |||||||||||||||
Property / maintained by | |||||||||||||||
Property / maintained by: Wei Liu / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / CRAN project | |||||||||||||||
Property / CRAN project: DR.SC / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / programmed in | |||||||||||||||
Property / programmed in: R / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / last update | |||||||||||||||
9 August 2023
| |||||||||||||||
Property / last update: 9 August 2023 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / description | |||||||||||||||
Joint dimension reduction and spatial clustering is conducted for Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data, and more details can be referred to Wei Liu, Xu Liao, Yi Yang, Huazhen Lin, Joe Yeong, Xiang Zhou, Xingjie Shi and Jin Liu. (2022) <doi:10.1093/nar/gkac219>. It is not only computationally efficient and scalable to the sample size increment, but also is capable of choosing the smoothness parameter and the number of clusters as well. | |||||||||||||||
Property / description: Joint dimension reduction and spatial clustering is conducted for Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data, and more details can be referred to Wei Liu, Xu Liao, Yi Yang, Huazhen Lin, Joe Yeong, Xiang Zhou, Xingjie Shi and Jin Liu. (2022) <doi:10.1093/nar/gkac219>. It is not only computationally efficient and scalable to the sample size increment, but also is capable of choosing the smoothness parameter and the number of clusters as well. / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / author | |||||||||||||||
Property / author: Wei Liu / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / author | |||||||||||||||
Property / author: Yi Yang / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / author | |||||||||||||||
Property / author: Jin Liu / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / copyright license | |||||||||||||||
Property / copyright license: GNU General Public License, version 3.0 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / depends on software | |||||||||||||||
Property / depends on software: parallel / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / depends on software | |||||||||||||||
Property / depends on software: spatstat.geom / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / depends on software | |||||||||||||||
Property / depends on software: R / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / depends on software: R / qualifier | |||||||||||||||
software version identifier: ≥ 4.0.0 | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: CompQuadForm / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: irlba / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: cowplot / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: ggplot2 / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: GiRaF / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: MASS / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: Matrix / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: mclust / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: methods / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: purrr / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: S4Vectors / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: RColorBrewer / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: Rcpp / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports: Rcpp / qualifier | |||||||||||||||
software version identifier: ≥ 1.0.5 | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: Seurat / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / imports | |||||||||||||||
Property / imports: stats / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / cites work | |||||||||||||||
Property / cites work: Joint dimension reduction and clustering analysis of single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
Property / MaRDI profile type | |||||||||||||||
Property / MaRDI profile type: MaRDI software profile / rank | |||||||||||||||
Normal rank | |||||||||||||||
links / mardi / name | links / mardi / name | ||||||||||||||
Latest revision as of 18:56, 12 March 2024
Joint Dimension Reduction and Spatial Clustering
Language | Label | Description | Also known as |
---|---|---|---|
English | DR.SC |
Joint Dimension Reduction and Spatial Clustering |
Statements
9 August 2023
0 references
Joint dimension reduction and spatial clustering is conducted for Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data, and more details can be referred to Wei Liu, Xu Liao, Yi Yang, Huazhen Lin, Joe Yeong, Xiang Zhou, Xingjie Shi and Jin Liu. (2022) <doi:10.1093/nar/gkac219>. It is not only computationally efficient and scalable to the sample size increment, but also is capable of choosing the smoothness parameter and the number of clusters as well.
0 references