Comparative sequence analysis of virus genes
Ein Großteil der Evolutionsforschung befaßt sich heute mit der Analyse von Sequenzen. Genetische Sequenzen bergen die ``Fußabtritte der Evolution in sich, denn Evolution findet auf der genetischen Ebene statt. Aufgrund der nunmehr verfügbaren Automatisierung der Sequenzbestimmung ist eine riesige und stetig steigende Anzahl von Sequenzen in den verschiedensten Datenbanken zu finden. Die klassischen Analysemethoden in der Evolutionsforschung dienen zumeist der Aufgabe, den dynamischen Prozeß, der die fraglichen Sequenzen hervorgebracht hat, zu charakterisieren. Nun wird jedoch dabei traditionellerweise angenommen, daß dieser Prozeß eine hierarchische Struktur hat und die Sequenzen mit Hilfe eines phylogenetischen Baumes dargestellt werden können. Diese Annahme ist für die Evolution von Organismen sicherlich zumeist gerechtfertigt. Jedoch gibt es viele Beispiele, bei denen eine hierarchische Darstellung völlig unangebracht wäre. Gerade bei sehr schnell oder explosionsartig evolvierenden Organismen, wie z.B. Viren, findet man häufig sogenannte bündelhafte Knotenpunkte, von denen heraus viele Isolate in einer nicht mehr nachvollziehbaren Abfolge evolviert sind, so daß Baumrekonstruktionen für diese Knoten zu fehlerhaften Schlußfolgerungen führen. Die angesprochenen Probleme zeigen, wie notwendig die Entwicklung einer systematischen, analytischen Methode zur Untersuchung von Sequenzen ist. Die kürzlich von \textit{M. Eigen} et al. [Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85, 5913-5917 (1988)] entwickelte Methode der statistischen Geometrie ist ein analytisches Instrumentarium, das es erlaubt, die einer Sequenzfamilie zugrundeliegende ``Topologie (also ihre Graphenstruktur) zu charakterisieren. Die hergeleiteten Parameter ermöglichen sowohl eine Unterscheidung in z.B. baum- oder nichtbaumhaft wie auch die Detektion unterschiedlicher Substitutionsraten. Eine Anwendung auf Sequenzen des AIDS-Virus wird eine Erklärung für die in der Literatur unterschiedlichen Alters- sowie Herkunftsbestimmungen ermöglichen. Wir werden die Methode der statistischen Geometrie zum Vergleich auch auf andere Virusfamilien anwenden. Hier werden wir das ganze Spektrum möglicher Divergenzstrukturen -- von ideal baumhaft bis vollständig vernetzt -- vorfinden. For the entire collection see [Zbl 0833.00027].
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